属泛北极植物区和古热带植物区交汇地带的中国喜马拉雅植物区，境内容纳了寒温性、暖热性等植物类型，成为地域性植物类型组合最为丰富的地区之一，是天然的植物基因库，长期以来为国内和世界植物学学科研者所瞩目。全州已知的高等植物200多个科、600余属、3000多种。全州有林地面积64.9万公顷，森林覆盖率70%，用材林树种以冷杉、云南松、云杉、铁杉为最多，珍稀名贵树种有红豆杉、秃杉、榧木、红椿、楠木、珙桐、紫檀、香樟等。列入国家级保护植物42种。药用植物资源十分丰富，据1984年-1988年普查，已知中药材资源356种，其中药用植物314种，全国药材资源76个重点保护品种，怒江州有51种，珍稀名贵药材有虫草、阁草花、天麻、贝母、癞头参、红景天、鸡足黄莲等。观赏花卉有鸽子花(珙桐)、杜鹃花、茶花、兰花等上千个品种。

    特殊自然环境为各种动物的生长繁衍提供了适宜条件，境内动物资源丰富，种类繁多。经中国科学院昆明动物研究所多次考察，已知脊椎动物有488种，其中国家保护动物40余种，鸟类284种(鸟类中有32种为中日保护候鸟，8种为世界濒危鸟种)。兽类128种，爬行类动物30种，两栖类动物30种，鱼类44种。戴帽叶猴、羚牛、赤斑羚、大鼯鼠、黑鹇、灰腹角雉等，是中国最珍贵稀有动物。濒危动物有王锦蛇指名亚种、熊猴、滇金丝猴、中国穿山甲、云豹、印支虎、黑麝、菲氏麂、血雉、白腹锦鸡等55种。为更好地保护动物资源，国家将泸水县和保山市毗邻的高黎贡山地段，以及泸水、福贡、贡山县境内的碧罗雪山海拔3000米以上的地带，划为国家级自然保护区，总面积达32.3万公倾，占全省国家级自然保护区总面积的43.9%，占全州国土面积的22%，被列入保护的动植物物种共1500多种。