今年，省内磷资源缺口２００万吨，相关原材料价格普遍上涨，而国家对资源性低端产品的不支持政策，致使我省化学工业“先天发展不足，后天发展受约束”的矛盾日益凸现
化学工业是典型的资源性行业。我省最大的两大化工企业——云天化集团和煤化工集团，前者充分利用云南的磷矿资源，把企业的高浓度磷复肥产能扩大到亚洲第一、世界第二，后者毋庸赘言，就是对煤炭资源进行挖掘和加工。
化学工业还是典型的高耗能行业。要完成“十一五”期间我省节能降耗目标，工业节能占全社会节能的７０％，而化学工业又占全部工业的２５％。化学工业节能对全省节能指标的实现起着举足轻重的作用。
即便如此，我省的磷化工生产仍然问题较多，主要有：产品单一，低附加值的支农和无机磷化工产品比例居高不下，高附加值的有机磷产品微乎其微，很多企业的产品还停留在大宗的几种传统产品上。因精细磷化工产品较少导致的全行业缺乏竞争力问题突出。更严重的是，国外对高纯磷化工技术的垄断和我国技术创新不足，要全面攻克高纯磷酸制备技术并实现产业化，也决非一日之功。
２００６年，全省化学工业实现销售收入２７１．５７亿元，云天化集团和煤化工集团占据该行业总销售收入的７８％。同年，全省以氮肥和磷复肥为主的化肥产业，其总产值占全省化学工业的８３．２％，化肥工业增加值占全省化工ＧＤＰ的８５％。２００７年，磷肥和磷的基础化工材料产品销售收入约占全省化工行业销售收入的７０％以上。化肥“一枝独秀”的产业、产品结构仍然主导着全省化工行业的发展。
省经委副主任周赤指出，产业及产品结构单一，导致的最直接危险是：在抵御市场和政策风险上存在着很大的不确定性。
确实，我省化学工业刚刚整合了资源，龙头企业刚刚崭露头角，新一轮挑战就接踵而至：
——从去年开始，国家出台了征收高额关税、减少“两高一资”（高能耗、高污染和资源性）商品出口的政策。此举较大影响到我省以中低档产品为主的化学工业的发展。去年，我省出口磷肥３３５万吨，占全国出口量的３３％；出口黄磷７．０６万吨，约占全国的８５％。今年，资源性产品的出口将受到更加严格的控制。从今年２月１５日至９月３０日，国家临时性将含磷化肥出口关税提高到３５％，其他基础原材料型磷化工产品也将调整。这将进一步影响我省化学工业的发展。
——今年，生产化肥的原材料价格全面上涨，但国家为保障农民利益，严格控制化肥价格，生产化肥的利润空间不断缩小，化肥生产企业几乎无利可图。国家严格控制产品价格同原材料价格普遍上涨的矛盾更加突出。
——磷、硫、煤等化学矿产资源供应日趋紧张，资源约束同下游产业需求扩张的矛盾更加突出。今年，全省磷矿资源采选能力已难以满足下游产业的需求，预计缺口２００万吨左右；受国际硫磺价格上涨影响，全省硫酸资源紧张，给磷肥生产带来较大影响；受长期积存的煤矿资源开采及安全等问题的影响，以煤为原料的煤化工产业发展举步维艰。
——生产能力过剩，国内市场需求饱和，企业试图依靠提高出口依存度同国家通过关税调整限制出口的矛盾更加突出。
——高能耗、高污染的发展现状同环境约束性矛盾更加突出。环境保护、节能减排、提高资源综合利用率是我国的基本国策，而我省湿法路线磷酸生产、黄磷生产、电石乙炔化工产业等，都是高能耗、高污染产业。每吨湿法磷酸消耗磷矿近３吨，排放磷石膏近５吨；每生产一吨黄磷消耗磷矿石近１０吨，耗电１．４万度，排放磷渣１０吨，排放尾气近３０００立方米。磷石膏和黄磷尾气中含有硫、磷、砷、氟等多种杂质，大部分企业没有回收利用装备，尾气燃烧排空，磷石膏长年堆存，对大气、土地、水源及当地环境造成严重影响。
——以项目实施推进产业结构调整同项目落地难的矛盾更加突出。一直以来，发展是解决一切问题的前提，也是推进化工产业结构调整的根本。但国家通过采取土地、金融、环保、节能等一系列产业政策，严格控制“两高一资”行业过快增长，使我省相对具有发展优势的煤化工、电石－氯碱－聚氯乙烯等产业的发展项目难以启动。国家发改委今年还拟对“两高一资”项目的管理方式从备案改为核准。
综上所述，我省化学工业“先天发展不足，后天发展受约束”的矛盾日益突出，通过结构调整建立科学、协调、有序、和谐的化学工业发展体系，难度很大，困难很多，但这已经成为全行业发展的最终目标。
