云南的陆生生态系统几乎包括了地球上所有的陆生生态系统类型，主要有森林、灌丛、草甸、沼泽和荒漠等。云南的六大水系（金沙江、澜沧江、怒江、伊洛瓦底江、红河、珠江）和“九大”高原湖泊（滇池、洱海、抚仙湖、泸沽湖、阳宗海、异龙湖、程海、杞麓湖、星云湖）构筑了云南淡水生态系统的基本框架，反映了中国淡水生态系统的特殊性。

物种多样性。云南省各种分类群物种种数均接近或超过全国的一半以上，其中已知高等植物426科、2592属、17000多种，科、属、种分别占全国的88.4%、68.7%、62.9%。此外，云南的珍稀物种资源也非常丰富，占了全国的67.5%，居第一位，列为国家保护的珍稀濒危植物151种，占全国总数的42.6%；列为国家重点保护的野生动物有199种，占全国总数的59.4%，其中亚洲象、野牛、绿孔雀、赤颈鹤等23种在我国仅云南独有。